Cơ quan có thẩm quyền xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm được quy định như sau:

 Cục An toàn thực phẩm - Bộ Y tế, Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan đầu mối tham mưu và tổ chức thực hiện việc xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ cho các cơ quan quản lý nhà nước của ngành ở Trung ương và địa phương theo nguyên tắc cấp nào cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm cho cơ sở sản xuất, kinh doanh thì cấp đó có quyền cấp giấy xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm.